O anime conta a história de Shinobu, uma bela aprendiz de ninja na Academia de Ninjas (duh!). Para conseguir se graduar como uma “kunoichi” (denominação correta para mulheres-ninjas), Shinobu deve realizar as missões designadas por seu Mestre, uma bola amarela com barba, asinhas, bracinhos e perninhas, mas que pode se transformar em um ser humano fortão, se assim o quiser (!). Shinobu é tão “inteligente” que nem percebe que seu ajudante, Onsokumaru, é na realidade o seu Mestre, sem a barba postiça…
